Управление МАУДО ЦДО осуществляется  на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Единоличным исполнительным органом Центра  является директор Валентина Алексеевна Загудаева, которая осуществляет текущее руководство деятельностью образовательного учреждения.

В МАУДО ЦДО функционируют  коллегиальные органы управления, к которым относятся общее собрание работников Центра, Педагогический совет, Наблюдательный совет.